En 1994 nuestra actual directora, Claudia Colimoro Sarellano, luchadora social y defensora de derechos humanos, sexuales y reproductivos, empezó a recibir a jóvenes embarazadas que además vivían en situaciones de riesgo, como la explotación sexual y laboral, con la intención de proporcionarles un lugar seguro y libre de violencia, con alimentación y servicios de salud. Con el tiempo, diversas instancias públicas y privadas fueron canalizando más jóvenes a la casa hogar, por lo que se vio la necesidad de crear un programa de atención que se adecuara a sus necesidades. El 13 de agosto de 2001 Casa de las Mercedes se constituyó como IAP ante la Junta de Asistencia Privada y nace la segunda sede en la colonia San Rafael, en donde además se proporciona atención a bebés y adolescentes de (0 a 18 años) que han sido víctimas de cualquier tipo de violencia. Con la formación de un grupo multidisciplinario, cuyo objetivo es contribuir a la restitución de sus derechos humanos los cuales les han sido vulnerados.